Pierwszy numer "Gastroenterologii Praktycznej" ukazał się w roku 2009. W latach 2009-2011 czasopismo było wydawane jako dwumiesięcznik, zaś od roku 2012 ukazuje się jako kwartalnik. Od początku istnienia czasopisma do końca roku 2015 Redaktorem Naczelnym "Gastroenterologii Praktycznej" był Prof. dr hab. n. med. Andrzej Dąbrowski, Kierownik Kliniki Gastroenterologii i Chorób Wewnętrznych w Białymstoku. Obecnie tę funkcję pełni Prof. dr hab. n. med. Marek Hartleb, Kierownik Kliniki Gastroenterologii i Hepatologii Śląskiego Uniwersytetu Medycznego w Katowicach.